■1999年7月《内蒙古农牧学院学报》在全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期刊评比中荣获叁等奖（颁奖部门:中华人民共和国教育部）
■1999年6月《内蒙古农牧学院学报》获第四届内蒙古高校学报优秀编辑质量壹等奖（颁奖部门:内蒙古高校学报研究会）
■2001年12月《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》编辑部荣获《CAJ-CD规范》执行优秀奖（颁奖部门:中国学术期刊（光盘版）编辑委员会《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行活动组织委员会）
■2002年6月《内蒙古农业大学学院学报》获第五届内蒙古高校学报优秀编辑质量壹等奖（颁奖部门:内蒙古高校学报研究会）
■2005年8月《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》编辑部获“高校科技期刊先进集体”荣誉称号（颁奖部门:中国高等高等学校自然科学学报研究会）
■2005年8月内蒙古农业大学学报编辑部被评为高校科技期刊先进集体（颁奖部门:中国高等学校自然科学学报研究会）
■2007年2月《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》在北方第二届期刊评选中荣获优秀期刊（颁奖部门:北方期刊奖评选委员会（北方十省市新闻出版局组成））
■2006年10月《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》在首届中国高校精品·优秀·特色科技期刊评比中荣获中国高校特色科技期（教育部科学技术司）
■2006年12月《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》在首届“内蒙古出版奖”（期刊）评比中获期刊奖（颁奖部门:内蒙古自治区新闻出版局）
■2007年2月《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》在北方第二届期刊评选中荣获优秀期刊（颁奖部门:北方期刊奖评选委员会（北方十省市新闻出版局组成））
■2004年12月 第四届全国优秀农业期刊社科类贰等奖 (颁奖部门:1.中国农学会2.中国期刊协会农业期刊分会)
■2007年5月 全国民族地区学报（期刊）优秀奖 (颁奖部门:1.国家民族事务委员会文化宣传司2.全国社科学报研究会民族系统联络中心)