《内蒙古农业大学学报》创刊于1957年，当时刊名为《内蒙古畜牧兽医学院院刊》（内蒙古农业大学创建于1952年，当时校名为内蒙古畜牧兽医学院）。这是内蒙古高校创办最早的学报，也是内蒙古创办最早的科技期刊之一，后停刊。1965年复刊时刊名定为《教学与科研》。主编：王鹤田；副主编：庄幼纯、哈斯。按畜牧、草原、兽医、农学、植保、等专业指定人员，分工负责本专业稿件的审定工作。学报日常工作设在教务处科研科。《教学与科研》共出版2期，于1967年停刊。1980年复刊，同时更名为《内蒙古农牧学院学报》。主编：张荣臻；副主编：庄幼纯。学报复刊后为半年刊。1986年12月被批准在国内公开发行，期刊登记号为内蒙古自治区期刊出期字第102号。1987年经重新登记后，《内蒙古农牧学院学报》国内统一刊号为：CN 15-1062。1990年12月被批准在国内外公开发行，同时改为季刊发行。  
    1999年《内蒙古林学院学报（哲社版）》创刊。  
    1999年，原内蒙古农牧学院和原内蒙古林学院合并成立新的多科性大学—内蒙古农业大学。学报更名为《内蒙古农业大学学报》，分自然科学版和社会科学版两种版本发行。《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》国内统一刊号为CN 15-1209/S，国际标准刊号为ISSN 1009-3575；《内蒙古农业大学学报（社会科学版）》国内统一刊号：CN 15-1207/G，国际标准刊号：ISSN 1009-4458。   
     2002年创办《内蒙古农业大学学报（蒙古文版）》，目前在内蒙古自治区内部交流发行，准印证号为蒙连内资18-1501064。  

     内蒙古农业大学学报编辑部现为学校直接领导的二级教学科研机构，编辑部下设3个编辑室，即社会科学版编辑室、自然科学版编辑室和蒙古文版编辑室。 
     现有人员9名。其中编审2人，副编审1人，副教授1人，编辑4人，助理编辑1人。