2020年11月，中国高校科技期刊评奖结果在中国高校科技期刊研究会第24次年会暨渝沪湘高校科技期刊论坛上发布，《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》荣获“2020年度中国高校优秀科技期刊”称号。

此次评奖是中国高校科技期刊研究会根据北大核心数据、CSCD数据、科技核心数据、知网学术评价数据、万方扩刊版数据、中信所精品科技期刊和百杰期刊、知网国际影响力数据等，经过加权计算，从中国高校科技期刊研究会原有1000多家单位会员（期刊）中遴选出部分杰出、百佳、优秀期刊。2020年度内蒙古自治区仅有《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》和《内蒙古大学学报（自然科学版）》2种期刊入选优秀期刊。